De ineffectieve erytropoëse (vorming van erytrocyten: rode bloedcellen) veroorzaakt beenmergexpansie (beenmerg uitbreiding) en corticale (schors-)verdunning. Wanneer thalassemie major niet op de juiste manier wordt behandeld, leidt dit tot vervormingen van het gezicht en de ledematen. Het laatstgenoemde resulteert in een korte gestalte.  

Ook personen die bloedtransfusies krijgen en onvoldoende ijzerchelatie (ontijzeringstherapie), lopen het risico botpijnen en botbreuken te krijgen. Het risico van wervelfracturen neemt toe bij het ouder worden en hangt samen met beenmassa en hypogonadisme.

Metafysaire afwijkingen (rondom de groeischijf) van de lange botten en abnormale wervels kunnen tekenen zijn van dysplasie (een abnormale ontwikkeling). De botpijnen nemen toe bij het ouder worden en komen vaker voor bij vrouwen. De pijn lijkt niet gerelateerd te zijn aan een geschiedenis van breuken of vervormingen van de wervels.